E化時代的來臨，電商網站亦成為企業重要的獲利工具之一，但每個網站或多或少仍會有風險因素存在。近年網站使用之安全性屢遭挑戰、個人安全意識的提升，許多消費者在網路上進行瀏覽及交易，最注重的就是網站是否安全，應該建立網友對網站的信任感與安全的交易環境，也是電商網站成效評估的重要指標之一，將會嚴重影響到他們在網站上進行消費的意願，網站安全漏洞的大量存在，和不斷發現新問題仍是網路安全的最大隱憂。
在安全性方面，評估網站主要的瀏覽動作是否採用SSL機制及網站安全漏洞的防護程度，例如使用者在網站上輸入帳號密碼及下訂單，如果有提供SSL安全機制，隱私資料就不容易被人竊聽與盜取。SET機制較SSL更安全，可以讓使用者先儲存金額至電子錢包中，在網路上消費時再從電子錢包中扣款。一般網站安全漏洞的防護程度則包括架設防火牆（Firewall）、入侵偵測系統、防毒軟體及作業系統、網路伺服器、資料庫，資料外洩與資料損毀問題的危機處理。